Im Juli 1952 wurde der THW Ortsverband Flensburg als vierter Ortsverband (OV) in Schleswig-Holstein gegründet. 

Seit 1989 befindet sich die Dienststelle des THW OV Flensburg in der Lilienthalstraße 46, 24941 Flensburg. Bis 2014 war im selben Gebäude auch die Geschäftsstelle (GSt) des Geschäftsführerbereichs Schleswig (GFB SL) untergebracht, welche sich nun in einer gemeinsamen Liegenschaft zusammen mit dem OV Schleswig in der Agnes-Pockels-Straße 7, 24837 Schleswig befindet. Seit dem 01.01.2018 ist die frühere GSt nun die Regionalstelle Schleswig (RSt) im Regionalbereich Schleswig.

Der Umzug des OV Flensburg im Jahre 1989 wurde nötig, da die ehemalige Duburg-Kaserne, in der der Ortsverband ca. 35 Jahre untergebracht war, dem Neubau des Arbeitsamtes weichen musste. Damit hat der OV Flensburg (54.7673) den "Titel" des nördlichsten THW-OV an Niebüll (54.7918) abgegeben. 

Der Ortsverband verfügt über folgende Einheiten:

• OV-Führung und Stab, bestehend aus
  • Ortsbeauftragter und Fachberater
  • OV-Stab, mit den angegliederten Gruppen
    - Grundausbildungsgruppe
    - Jugendgruppe
    - Alters- und Ehrengruppe
    
    

• Technischen Zug (TZ), bestehend aus
  • Zugtrupp (ZTr TZ)
  • Bergungsgruppe (B)
  • Fachgruppe Notversorgung und Notinstandsetzung (FGr N)
  • Fachgruppe Wasserschaden/Pumpen (FGr WP)
    
    

• Fachzug Führung/Kommunikation (FZ FK), bestehend aus
  • Zugtrupp (ZTr FK)
  • Fachgruppe Führungsunterstützung (FGr F)
  • Fachgruppe Kommunikation, Typ A (FGr K (A))
  • Stabspersonal (FK-Stab)
    
    
• Örtliche Gefahrenabwehr (ÖGA)  
  • Ölwehr (Havariekommando und LKN.SH)
  • Notbrunnen (Stadt Flensburg)
    
    

Dem OV stehen derzeit 10 KFZ/LKW, 14 Anhänger und 2 Wechselcontainer ( z. T. speziell ausgestattet), zwei Mehrzweckboote und ein Schlauchboot mit Außenborder zur Verfügung.

Einige dieser Fahrzeuge, Anhänger und Container wurden dem OV extra für die Wahrnehmung spezieller Aufgaben von der Stadt Flensburg, dem Land Schleswig-Holstein, durch den Landesbetrieb für Küstenschutz, Nationalpark und Meeresschutz (LKN.SH) oder dem Havariekommando (HK) übergeben.